Krügers Schwerpunkt liegt in der Behandlung psychisch traumatisierter Kinder, Jugendlicher und ihrer Familien. Er verfolgt einen integrativen Ansatz in der Therapie des Traumas, der die systematische Vernetzung von Hilfsangeboten sowie die Aus- und Fortbildung von Therapeuten, Ärzten, Polizeibeamten, Rettungskräften, Seelsorgern und Pädagogen umfasst. Zusammen mit Luise Reddemann entwickelte er das PITT-KID-Behandlungsverfahren.